Estudios epidemiológicos sugieren un aumento del riesgo de aborto y de malformaciones cardiacas y gastrosquisis tras el uso de un inhibidor de la síntesis de prostaglandinas en etapas tempranas de la gestación. Durante el tercer trimestre de la gestación, todos los inhibidores de la síntesis de prostaglandinas pueden exponer al feto a toxicidad cardiopulmonar y toxicidad renal. Además, la administración conjunta de ketoprofeno con altas dosis de metotrexato (>15 mg/semana), produce un aumento del riesgo de la toxicidad hematológica del metotrexato.